보통 일반적으로 Java 함수내의 명령어를 사용하는 것을 권장합니다.
그 이유는 OS에 상관 없이 작동하기때문입니다.
아래의 경우는 부득이한 경우에 사용해야 합니다.

import java.io.BufferedReader;

import java.io.InputStream;

import java.io.InputStreamReader;

public class ShellCommander {

  public static void main(String[] args) throws Exception {

                String command = "ls -al";  

               // 이 부분에 실행할 리눅스 Shell 명령어를 입력하면 된다. (여기선 ls -al 명령어 입력)

               shellCmd(command);

   }

   public static void shellCmd(String command) throws Exception {

               Runtime runtime = Runtime.getRuntime();

               Process process = runtime.exec(command);

               InputStream is = process.getInputStream();

               InputStreamReader isr = new InputStreamReader(is);

               BufferedReader br = new BufferedReader(isr);

               String line;

               while((line = br.readLine()) != null) {

                              System.out.println(line);

               }

   }

}